一、形態培養
HCV病毒體呈球形，直徑小于80nm(在肝細胞中為36～40nm，在血液中為36-62nm)，為單股正鏈RNA病毒，在核衣殼外包繞含脂質的囊膜，囊膜上有剌突。HCV體外培養尚未找到敏感有效的細胞培養系統，但黑猩猩對HCV很敏感。
二、基因結構
HCV-RNA大約有9500-10000bp組成，5′3′非編碼區(NCR)分別有319-341bp，和27-55bp，含有幾個順向和反向重復序列，可能與基因復制有關。在5′非編碼區下游緊接一開放的閱讀框(ORF)，其中基因組排列順序為5'-C-E1-E2/NS1-NS2-NS3-NS4-NS5-3'，能編碼一長3014個氨基酸的多聚蛋白前體，可經宿主細胞和病毒自身蛋白酶作用后，裂解成各自獨立病毒蛋白，即三種結構蛋白，為分子量19KD的核衣殼蛋白(或稱核心蛋白，C)和33KD(E1)，72Kd(E2/NS1)的糖蛋白，及四種分子量為23KD、52KD、60KD、116KD的非結構蛋白分別與NS2、NS3、NS4、NS5相對應。由于GP72正好與瘟病毒表面蛋白或黃病毒第一個非結構蛋白(NS1)相對應，故將GP72的基因標記稱謂E2/NS1.E1和E2/NS1糖蛋白能產生抗HCV的中和作用。NS2和NS4的功能還不清楚，發現與細胞膜緊密結合在一起。NS3蛋白具有螺旋酶活性，參與解旋HCV-RNA分子，以協助RNA復制，NS5有依賴于RNA的聚合酶活性，參與HCV基因組復制。
三、變異性
HCV具有顯著異源性和高度可變性，對已知全部基因組序列的HCV株進行分析比較其核苷酸和氨基酸序列存在較大差異。并表現HCV基因組各部位的變異程度不相一致，如5′—CR最保守，同源性在92-100%，而3′NCR區變異程度較高，在HCV的編碼基因中，C區最保守、非結構(NS)區次之，編碼囊膜蛋白E2/NS1可變性最高稱為高可變區。
四、基因分型
HCV基因分型還無統一標準，因用于基因分型的部位和采用的技術方法不同，出現了各種基因分型結果，但各種基因型分類方法之間有一定的對應關系，
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